إن البكتيريا ذات وجهين متناقضين بالنسبة الى الإنسان: الأول مضرّ والثاني مفيد. فالبكتيريا التي تزيد أنواعها على الألفين لا تشكّل ضرراً للإنسان إلا في قسم قليل منها. أما معظمها فذو فوائد مختلفة. فهي أولاً مفيدة في تحضير أنواع من الطعام يعتمد عليها الإنسان في غذائه، وكذلك الحيوان، كتخمير الأجبان والألبان والخلّ. كما تساعد النباتات على الحصول على أنواع معينة من الفيتامينات عبر تحويل النيتروجين الموجود في التربة، وبعض أنواع النبات يشكّل غذاءً للإنسان والحيوان. وتساعد البكتيريا الموجودة في أمعاء الإنسان والحيوان على تفتيت الأطعمة وتسهيل عملية الهضم وإمداد الجسم ببعض الفيتامينات التي تفرزها.