السرطان
اختلال الساعة البيولوجية يؤثر في وظائف الخلايا الداخلية في الجسم إذ يمكن أن يتداخل مع إصلاح الحمض النووي فيها، ودورة حياتها وموتها مما قد يؤدي الى السرطان حال استمرار الاختلال لفترة طويلة.

أمراض القلب والأوعية الدموية
يؤدي العمل لساعات طويلة غير منتظمة الى ارتفاع التوتر المزمن وكذلك يزيد من ارتفاع ضغط الدم المرتبط، الذي قد يضاعف من خطر الإصابة بأمراض القلب والسكتة الدماغية.

مشاكل الجهاز الهضمي
الأشخاص الذين يعملون في نظام المناوبات أكثر عرضة للإصابة بمشاكل هضمية، مثل آلام البطن والإمساك والإسهال. أما القولون فيكون بسبب الحرمان من النوم المرتبط بالشفتات الليلية، بالإضافة الى نوعية الأطعمة التي يتناولها العاملون.

الاضطرابات النفسية
العمل ليلاً يصعب من التواصل مع الآخرين وبناء علاقات اجتماعية ويمكن أن يؤدي الى العزلة، كما أن الأشخاص الذين يعملون ليلاً أو بساعات غير منتظمة أكثر عرضة للإجهاد.