يقوم دماغ نقار الخشب بحماية نفسه من صدمات النقر عن طريق الاعتماد على ثلاثة عناصر رئيسية: مناطق إسفنجية مسامية موجودة في عظام الجمجمة، وخاصة في منطقتي الجبهة ومؤخرة الرأس. تفاوت طول الأنسجة الخارجية للجزء العلوي من المنقار والجزء السفلي بفارق بضع مليمترات، هذا الاختلاف يؤدي إلى عدم اندماج الجزأين معا في نقرة واحدة، مما يساعد في توزيع الصدمة عليهما بالتساوي وتقليل شدتها. لسان نقار الخشب يلعب دوراً مهماً في حماية الدماغ، إذ يبلغ طوله ثلاثة أضعاف طول المنقار يلتف اللسان حول الدماغ ويتمركز في منطقة بين العينين، مما يعمل على امتصاص الذبذبات المرتدة داخل الرأس، ويقلل تأثيرها الضار. بفضل هذه الآليات، يستطيع نقار الخشب الحفاظ على دماغه سليماً، رغم تكرار نقره اليومي الذي يصل إلى 12 ألف نقرة على الخشب.