وجدت البكتيريا منذ أن وجدت الحياة على الأرض. لقد عاش الإنسان حتى اختراع المجهر في القرن السابع عشر دون أن يدرك شيئاً عن وجود تلك الكائنات غير المرئية والتي لا شك في أنها مسؤولة عن العديد من الأمراض وهي أيضاً ذات فوائد عديدة. كان الهولندي "فان لوفنهوك" هو الذي اكتشف الكائنات الدقيقة بفضل مجهر بدائي صنعه بنفسه، وقد ظن في بادىء الأمر أنها حيوانات دقيقة فأطلق عليها اسم الحيوانات المجهرية. وفي العام 1878 اقترح "سيبيللو" تسميتها بالميكروبات (من اليونانية "مايكروز" بمعنى صغير و "بيوز" بمعنى حياة).
