من غير المرجح أن يتسبب شرب القهوة على معدة خالية في مشاكل صحية؛ لكن هناك بعض الحالات يجب الامتناع عن شربها على معدة خالية مثل المعدة الحساسة، أو حالات معينة للجهاز الهضمي مثل الارتجاع المريئي، أو تلف في بطانة المعدة. إضافة الحليب أو الكريمة الى القهوة، يساعد في تخفيف الحمض الموجود في المعدة.