تضع أنثى تمساح النيل كل عام حوالي 40 بيضة في عش حفرته أعلى ضفاف النهر، وهي تختار مكاناً ظليلاً لعشّها ثم تحفر به حفرة يبلغ عمقها من 20 الى 30 سنتيمتراً، ثم تغطيها بالرمال، وبذلك تضمن بقاء بيضها في درجة حرارة أقل من 3 مئوية، ويظل الأبوان يحرسان البيض لمدة تسعين يوماً.وعندما يحين موعد فقس البيض تصدر التماسيح الصغيرة أصوتاً عالية فتسمعها الأم وتزيل الرمال التي تغطيها، ثم تحملها في الجيب الخاص الموجود أسفل فمها وتضعها في مكان خصصته لتربيتها في النهر، والعجيب أن التماسيح الصغير تتبع أمها مثلما يفعل البط.